Σκοπός του ΕΛΚΕΘΕ είναι η διεξαγωγή επιστημονικής και τεχνολογικής έρευνας, η πειραματική ανάπτυξη και επίδειξη, η διάδοση και εφαρμογή των αποτελεσμάτων της έρευνας, ιδιαίτερα στους τομείς της μελέτης και προστασίας της υδρόσφαιρας, των οργανισμών της, των ορίων της με την ατμόσφαιρα, την ακτή και το βυθό, των φυσικών, χημικών, βιολογικών και γεωλογικών συνθηκών που επικρατούν και διέπουν τα παραπάνω συστήματα.
Αποτελείται από 5 Iνστιτούτα, το καθένα υπεύθυνο για ένα διαφορετικό θεματικό αντικείμενο:
>> Ινστιτούτο Ωκεανογραφίας
>> Ινστιτούτο Υδατοκαλλιεργειών
>> Ινστιτούτο Θαλασσίων Βιολογικών Πόρων
>> Ινστιτούτο Εσωτερικών Υδάτων
>> Ινστιτούτο Θαλάσσας Βιολογίας και Γενετικής