Το ParaSurf ενσωματώθηκε στη Neurosnap: Η πρόβλεψη θέσεων σύνδεσης αντισωμάτων-αντιγόνων με AI είναι πλέον διαθέσιμη σε όλους
[Τρίτη, 18 Φεβρουαρίου 2025]

Το ParaSurf ενσωματώνεται στο Neurosnap: Μια συνεργασία για την πρόβλεψη θέσεων δέσμευσης αντισωμάτων-αντιγόνων με τεχνητή νοημοσύνη.

Ερευνητές του Εθνικού Κέντρου Έρευνας και Tεχνολογικής Ανάπτυξης και του Πολυτεχνείου της Μαδρίτης ανέπτυξαν το ParaSurf, το πιο προηγμένο μοντέλο βαθιάς μάθησης για την πρόβλεψη αλληλεπιδράσεων αντισώματος-αντιγόνου. Το Parasurf που είναι ιδιαίτερα χρήσιμο για τον τομέα της βιοϊατρικής έρευνας και της ανάπτυξης φαρμάκων, έχει πλέον ενσωματωθεί στη Neurosnap, μία από τις κορυφαίες AI πλατφόρμες για τη δομική βιολογία.

Ειδικότερα, το ParaSurf προβλέπει τις θέσεις δέσμευσης των αντισωμάτων αναλύοντας τα χαρακτηριστικά της μοριακής επιφάνειας, συμπεριλαμβανομένων γεωμετρικών, χημικών και ηλεκτροστατικών ιδιοτήτων. Αυτά τα χαρακτηριστικά χρησιμοποιούνται για την εκπαίδευση ενός υβριδικού βαθιού νευρωνικού δικτύου που συνδυάζει ένα 3D ResNet με ένα transformer.

Η Neurosnap φιλοξενεί πρωτοποριακά μοντέλα όπως το AlphaFold3, DiffDock, και τώρα το ParaSurf, καθιστώντας την πρόβλεψη θέσεων σύνδεσης αντισωμάτων πιο εύκολα προσβάσιμη και αποδοτική από ποτέ.

Αυτή η ενσωμάτωση επιτρέπει στους ερευνητές να αναλύουν τις θέσεις σύνδεσης των αντισωμάτων χωρίς την ανάγκη για ισχυρούς υπολογιστικούς πόρους ή τοπικές εγκαταστάσεις λογισμικού. Αρκεί να ανεβάσουν τη δομή ενός αντισώματος και να λάβουν υψηλής ακρίβειας προβλέψεις σε χρόνο λιγότερο του λεπτού.

Η εξέλιξη αυτή,  σηματοδοτεί ένα σημαντικό ορόσημο στη χρήση τεχνητής νοημοσύνης για τον σχεδιασμό και την επικύρωση αντισωμάτων, καθώς το ParaSurf μπορεί να λειτουργήσει ως ένα ισχυρό εργαλείο για την επιβεβαίωση νέων πρωτεϊνικών δεσμευτών (binders) αντισωμάτων in silico.

Η συμβολή του ParaSurf στη βιοϊατρική έρευνα 

 Η δυνατότητα του ParaSurf να αναγνωρίζει με υψηλή ακρίβεια τα σημεία σύνδεσης αντισωμάτων το καθιστά ένα πολύτιμο εργαλείο στη βιοϊατρική έρευνα και στην ανάπτυξη θεραπευτικών αντισωμάτων. Μερικές από τις σημαντικές εφαρμογές του περιλαμβάνουν:

• Εξέλιξη θεραπευτικών αντισωμάτων: Οι φαρμακευτικές εταιρείες μπορούν να χρησιμοποιήσουν το ParaSurf για την ταχύτερη και ακριβέστερη επιλογή αντισωμάτων με ισχυρή σύνδεση σε παθογόνα, οδηγώντας σε πιο αποτελεσματικές θεραπείες.
• Ανάλυση ανοσολογικών αποκρίσεων: Οι ερευνητές μπορούν να μελετήσουν πώς διαφορετικά αντισώματα αλληλεπιδρούν με αντιγόνα, συμβάλλοντας στην κατανόηση των ανοσολογικών μηχανισμών και στην ανάπτυξη νέων εμβολίων.
• Προσαρμοσμένη ιατρική (Personalized Medicine): Με την ανάλυση των αλληλεπιδράσεων μεταξύ ασθενών και μοριακών στόχων, το ParaSurf μπορεί να υποστηρίξει εξατομικευμένες θεραπευτικές προσεγγίσεις, προσφέροντας προβλέψεις προσαρμοσμένες στο γενετικό προφίλ κάθε ασθενούς.

Διαβάστε το άρθρο: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaf062

Δοκιμάστε το ParaSurf στο Neurosnap: https://neurosnap.ai/service/ParaSurf

Δείτε ένα παράδειγμα πρόβλεψης σε δράση: Example Prediction

Δείτε τον κώδικα: https://github.com/aggelos-michael-papadopoulos/ParaSurf