 |
(πάνω) Εξέλιξη δύο χαρακτηριστικών μεταλλάξεων του στελέχους Άλφα (B.1.1.7) όπως προκύπτει από την ανάλυση των λυμάτων, σε σχέση με το αντίστοιχο ποσοστό σε κλινικά δείγματα.
(κάτω) Η διαχρονική εξέλιξη χαρακτηριστικών μεταλλάξεων των στελεχών Άλφα (Β.1.1.7), Βήτα (Β.1.351) και Δέλτα (Β.1.617.2), όπως προκύπτουν από τη βιοπληροφορική ανάλυση δειγμάτων από λύματα.
Δευτέρα, 12 Ιουλίου 2021
Η τρέχουσα φάση της πανδημίας SARS-CoV-2, διαμορφώνει μία νέα εποχή γονιδιωματικής επιτήρησης, προκειμένου να παρακολουθούνται συστηματικά οι συνεχείς αλλαγές στο γονιδίωμα του ιού. Κάνοντας χρήση σύγχρονων τεχνολογιών Αλληλούχησης Νέας Γενιάς, και σύμφωνα με τους ορισμούς που δίνει η PANGO, έχουν αναγνωρισθεί μέχρι στιγμής περισσότερες από 1500 παραλλαγές του SARS-CoV-2 από την αρχική του ανίχνευση. Ειδικότερα τους τελευταίους μήνες, η αλληλούχηση κλινικών δειγμάτων έχει αναδείξει μερικές ιδιαιτέρως μεταδοτικές και μολυσματικές παραλλαγές ή αλλιώς παραλλαγές υψηλού ενδιαφέροντος | ανησυχίας, μία εξέλιξη που υπογραμμίζει την αναγκαιότητα των μεθόδων αλληλούχησης. Παρόλα αυτά, σε κλινικό επίπεδο, οι μέθοδοι ολικής αλληλούχησης δεν μπορούν εύκολα να κλιμακωθούν τόσο λόγο κόστους όσο και απαιτούμενου χρόνου, δημιουργώντας έτσι το ερώτημα για εναλλακτικές προσεγγίσεις.
Η επιδημιολογία με βάση τα λύματα είναι μια αναδυόμενη μεθοδολογία για την παρακολούθηση της κυκλοφορίας του ιού SARS-CoV-2 σε μία ευρεία περιοχή. Το Ινστιτούτο Εφαρμοσμένων Βιοεπιστημών (ΙΝΕΒ) του Εθνικού Κέντρου Έρευνας και Τεχνολογικής Ανάπτυξης (ΕΚΕΤΑ), και σε συνεργασία με το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης (ΑΠΘ), ανέπτυξαν μία νέα βιοπληροφορική μέθοδο για την επιδημιολογία στα λύματα, βασισμένη σε δεδομένα Αλληλούχησης Νέας Γενιάς. Η μέθοδος αυτή είναι ικανή να εντοπίζει και να ποσοτικοποιεί τις μεμονωμένες μεταλλάξεις σε δείγματα λυμάτων, ενώ παράλληλα να δίνει μια εκτίμηση της παρουσίας συγκεκριμένων στελεχών του SARS-CoV-2. Πιο συγκεκριμένα το ΕΚΕΤΑ | ΙΝΕΒ μπόρεσε να ανιχνεύσει την παρουσία της παραλλαγής Delta (B.1.617.2) σε εξαιρετικά χαμηλές συχνότητες (1-3%) τις τρεις πρώτες εβδομάδες του Ιουνίου 2021, καθώς επίσης και να ποσοτικοποιήσει την αύξησή του το ίδιο χρονικό διάστημα.
«Η αλληλούχιση των λυμάτων θα καθίσταται ολοένα και περισσότερο σημαντική ως ένας τρόπος παθητικής ανίχνευσης μεγάλης κλίμακας. Επιπλέον, η συσχέτιση των δεδομένων που παράγονται από την ανάλυση λυμάτων μεταξύ διαφορετικών γεωγραφικών περιοχών ή και χωρών, θα μπορούσαν να προσφέρουν μία μοναδική εικόνα της μετάδοσης του ιού και των παραλλαγών του», σημειώνει ο Δρ. Φώτης Ψωμόπουλος, Ερευνητής Γ’ στο ΕΚΕΤΑ | ΙΝΕΒ και επικεφαλής της Ομάδας Βιοπληροφορικής που ανέπτυξε τη μέθοδο.
«Η ανάλυση των λυμάτων μπορεί να θεωρηθεί ως προσέγγιση το ισοδύναμο της ανάλυσης αίματος στους ανθρώπους, απλά αντί να παρακολουθούμε την υγεία ενός ανθρώπου, παρακολουθούμε στην προκειμένη την υγεία μιας ολόκληρης πόλης. Μέσω της ανάλυσης λυμάτων μπορούμε να εκτιμήσουμε και να παρακολουθήσουμε όχι μόνο τον SARS-CoV-2, αλλά και άλλους ιούς και παθογόνα καθώς και την παρουσία αντιβιοτικών, φαρμάκων και ανθρώπινων ρύπων», επισημαίνει ο Δρ. Αναγνώστης Αργυρίου, Αναπληρωτής Διευθυντής του ΕΚΕΤΑ | ΙΝΕΒ.
Εκτύπωση σελίδας